Rok 2071. Zamieszkująca w przestrzeni kosmicznej nowa rasa Cowboy ściga bandytów w układzie słonecznym, z nadzieją otrzymania nagrody za złapanych terrorystów. Wcielamy się w postać jednego z trzech łowców nagród - Spike'a, Jeta lub Faye'a i rozwiązujemy tajemnice historii Cowboy Bebop. Dzięki zdobytym umiejętnościom i poznanym technikom walki, możemy pokonać ponad 50 różnych bandytów, za których czeka nas ogromna nagroda.